Počátky Ligy lidských práv spadají do roku 2000, kdy její pozdější zakladatelé začali rozvíjet lidskoprávní aktivity v rámci nezávislé partnerské organizace Ekologický právní servis (v současnosti Frank Bold). Přelomovým obdobím byl však pro Ligu rok 2002, kdy se od EPS oddělila a ihned po svém oficiálním vzniku začala v Brně a Praze vyvíjet širokou škálu činností souvisejících s dodržováním lidských práv. Zaměřila se na příslušníky policie, ochranu práv dětí a obětí domácího násilí.
O dva roky později se vize Ligy začaly ubírat novým směrem. Cílem se stalo důslednější prosazování lidských práv do praxe státních orgánů a do povědomí české společnosti.
Zakladatelem a prvním předsedou Ligy lidských práv byl Jiří Kopal. Jako první český občan získal Cenu Alice Garrique Masarykové, ocenění za odvahu při řešení problému policejního násilí a prosazování principů otevřené občanské společnosti v České republice.
S lidskými právy za hranice Česka
Na jaře 2004 byla Liga přijata jako korespondující člen Mezinárodní federace lidských práv (FIDH), nejstarší mezinárodní organizace, která prosazuje všechna práva zakotvená ve Všeobecné deklaraci lidských práv. Plnoprávným členem se stala Liga po třech letech – na jaře 2007.
Obrat k právům pacientů a duševně postižených lidí
V roce 2005 začala Liga rozvíjet právní pomoc v případech protiprávních sterilizací. V tom samém roce se Liga spojila s Centrem advokacie duševně postižených (MDAC). Na základě těchto zkušeností se pracovníci Ligy začali zaměřovat na dodržování lidských práv ve zdravotnictví a společně s MDAC dodnes hájí práva lidí s duševním postižením.
Školství
V roce 2005 Liga odstartovala také projekt Férová škola, kdy provedla prvotní pilotáž v oblasti rovného přístupu ke vzdělání. Původní koncepce zaměřená pouze na etnickou odlišnost ve školách se rozrostla o další jinakosti, tedy o pomoc všem žákům se speciálními vzdělávacími potřebami. S touto koncepcí Liga vstoupila i do dalších dílčích projektů, které podporují strategii inkluzivního vzdělávání.
Domácí násilí
Do roku 2006 se práce Ligy zaměřovala také na téma domácího násilí. Prostřednictvím telefonické linky pomoci a internetu odpovídali pracovníci Ligy na dotazy žen i mužů vystavených teroru ze strany partnera, stejně tak jim asistovali na úřadech či u soudů. Téhož roku Liga tento program od své činnosti odloučila a nechala tak vzniknout samostatnou organizaci Persefona, která se pomoci obětem domácího násilí věnuje nadále.
Právní pomoc druhým
Liga rovněž podpořila činnost dalších subjektů a vznik nových projektů. Jedním z nich je organizace Public Interest Lawyers Association (PILA), s níž se Liga společně zaměřuje na publikační aktivity a na zkvalitnění výuky na právnických fakultách. Další společný projekt se týká zajišťování bezplatné pro bono právní pomoci ze strany bohatších advokátních kanceláří pro sociálně slabé.